Trotz ihrer Erfolge blieb avianca nicht von schwierigen Zeiten verschont. Im Jahr 2003 meldete die Fluggesellschaft nach der Deregulierung der kolumbianischen Luftfahrtindustrie und angesichts der wachsenden Konkurrenz durch internationale Anbieter Insolvenz an. Als Teil eines finanziellen Restrukturierungsplans fusionierte avianca 2009 mit der salvadorianischen Fluggesellschaft TACA.

Die Coronavirus-Pandemie führte 2020 zu einer erneuten Insolvenzanmeldung. Nach der Umstrukturierung erklärte das Unternehmen jedoch, nun „effizienter und finanziell stärker“ zu sein. Seither bemüht sich die Airline, sich als modern und inklusiv zu positionieren. 2023 passte avianca ihren Slogan auf „The sky belongs to everyone“ (auf Deutsch: „Der Himmel gehört allen“) an und änderte ihren Markennamen in das nun kleingeschriebene „avianca“.

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